Vairāk

Importējot CSV failu ar csvt datiem QGIS (2.8), laukiem netiks piešķirts tips “date”

Importējot CSV failu ar csvt datiem QGIS (2.8), laukiem netiks piešķirts tips “date”


Man ir datu kopa (CSV formātā), un es cenšos pievienot vairākus laukus ar datuma informāciju, tāpēc, pamatojoties uz šiem datiem, es varu filtrēt punktus un ģenerēt kartes (QGIS 2.8 versijā), kas veidos hronoloģisku sēriju. Lai to paveiktu, esmu rīkojies šādi:

  • Esmu paņēmis sākotnējo CSV un pievienojis četrus laukus (skatiet zemāk CSV gala failu, datuma dati ir 12. – 15. Slejā ar nosaukumu Award1-4).
  • Sākotnēji dati bija GGGG-DD-MM formātā, tāpēc esmu izmantojis ērto komandrindas csvfix rīku, lai iestatītu visus datus ISO formātā (GGGG-MM-DD).
  • Lai pievienotu CSV failu, esmu izveidojis CSVT failu ar to pašu nosaukumu un ceļu, kas jāpievieno CSV, izpildot Anitas Graser regulāri saistītā emuāra ziņā un saistītajos GDAL dokumentos sniegtos norādījumus, tāpēc CSVT izmanto tikai šādus veidus , "Virkne", "vesels skaitlis", "īsts", "datums" (ceturtais no tiem ir izšķirošais)
  • Es arī ievēroju Underdark / Kristen šajā noderīgajā ieteikumā izmantot textwrangler, lai pārliecinātos, vai rakstzīmes ir standarta, un otrās rindiņas noņemšana un viedo pēdiņu konvertēšana atrisināja QGIS problēmu ar importēšanu.

Pēc šo darbību veikšanas mans CSV tiek importēts lieliski QGIS, izmantojot opciju “Pievienot norobežoto teksta slāni”, bet slānim ir tikai reāls (kā “dubultā”), vidējais un virkne (kā “teksts”), datuma lauki tiek atveidoti kā “virkne”. " arī. Es vēlētos, lai šis CSV fails tiktu importēts QGIS ar šiem datuma laukiem kā "datuma" datu tips QGIS, lai es varētu izpildīt vaicājumus. Es arī gribētu palikt pie CSV kā formāta, jo šie dati galu galā tiks ievietoti atklātā repozitorijā, un es vēlētos, lai citi lietotāji varētu apskatīt datus bez QGIS, bet arī salīdzinoši nesāpīgi importēt savus datus. savus projektus.

Vai cits lietotājs to ir paveicis QGIS un vēl vairāk, līdz kādam solim man šeit pietrūkst, lai šie lauki tiktu pareizi importēti kā lauka datu tips “Datums”.

Datu paraugi ir šādi:

ECS-GIS-Locations_2.4.csvt:

"Īsts", "Īsts", "Vesels skaitlis", "Virkne", "Virkne", "Virkne", "Virkne", "Virkne", "Virkne", "Virkne", "Veselais skaitlis", "Īstā", "Datums" "," Datums "," Datums "," Datums "," Virkne "," Virkne "," Virkne "," Virkne "," Virkne "

ECS-GIS-Locations_2.4.csv (dažas pirmās rindas):

"X", "Y", "precizitātes kods", "pasta indekss", "unikāls-id", "nosaukums", "tīkls", "nominālvērtība", "piezīmes", "vietne", "balvas", "ikona- izmērs2 "," balva1 "," balva2 "," balva3 "," balva4 "," savvaļas dzīvnieki - bioloģiskā daudzveidība "," saules enerģija "," datums veidots "," baznīcas uzticas vietrādim URL "," OS ref "" 349344.8977 "," 1053019.497 "," 2 "," KW17 2BU "," 2203 "," St Ann's, Papa Westray "," Orkney Islands "," C of S "," "," "," 4 "," 3 ", "2003-10-09", "2006-08-19", "2009-07-07", "2013-11-01", "", "x", "1841", "http: // www. scotlandschurchestrust.org.uk/church/st-anns-papa-westray","HY495516 "" 345691 "," 1046915 "," 3 "," KW17 2DB "," 2202 "," Westray Church "," Orkney Islands " , "C of S", "", "", "4", "3", "2003-10-09", "2006-08-19", "2009-07-08", "2013-11- 01 "," "," "," 1846 "," http://www.scotlandschurchestrust.org.uk/church/westray-parish-kirk "," HY457462 "" 272400.702 "," 655262.3425 "," 2 ", "ML3 7DT", "2801", "St John's Church of Scotland, Hamilton", "South Lanarkshire", "C of S", "", "http://www.stjohnshamilton.org.uk", "3" , "2.5", "2003-05-01", "2006-03-05", "2009-07-09", "", "", "", "1835", "http: //www.scotlandschurchestrust .org.u k / church / st-johns-church-hamilton "," NS724553 "

Iemeslam ir jābūt kaut kur QGIS vai GDAL versijā, kuru tā izmanto. Tieša GDAL v.2.0-dev izmantošana dod man paredzamo rezultātu:

ogrinfo ECS-GIS-Locations_2.4.csv -al INFO: veiksmīgi atvērta 'ECS-GIS-Locations_2.4.csv', izmantojot draiveri 'CSV'. Slāņa nosaukums: ECS-GIS-Locations_2.4 Ģeometrija: Nav Funkciju skaits: 3 slānis SRS WKT: (nezināms) X: Reāls (0.0) Y: Reāls (0.0) precizitātes kods: Vesels skaitlis (0.0) Pasta indekss: String (0.0) unikāls -id: String (0.0) nosaukums: String (0.0) tīkls: String (0.0) nomināls: String (0.0) piezīmes: String (0.0) vietne: String (0.0) balvas: Integer (0.0) icon-size2: Real (0.0 ) balva1: datums (0,0) apbalvojums2: datums (0,0) apbalvojums3: datums (0,0) apbalvojums4: datums (0,0) savvaļas dzīvnieku bioloģiskā daudzveidība: virkne (0,0) saule: virkne (0,0) uzcelšanas datums: virkne (0,0) baznīcas uzticas URL : String (0.0) OS atsauce: String (0.0) OGRFeature (ECS-GIS-Locations_2.4): 1 X (Real) = 349344.8977 Y (Real) = 1053019.497 precizitātes kods (Integer) = 2 pasta indekss (String) = KW17 2BU unikāls-id (virkne) = 2203 nosaukums (virkne) = St Ann's, Papa Westray tīkls (virkne) = Orkney Islands nominālvērtība (virkne) = C no S piezīmēm (virkne) = vietne (virkne) = balvas (veselais skaitlis) = 4 icon-size2 (Real) = 3 balva1 (datums) = 2003/10/09 balva2 (datums) = 2006/08/19 balva3 (datums) = 2009/07/07 balva4 (D ēda) = 2013/11/01 savvaļas dzīvnieku bioloģiskā daudzveidība (virkne) = saules enerģija (virkne) = x pēc datuma veidota (virkne) = 1841 baznīcu uzticības URL (virkne) = http://www.scotlandschurchestrust.org.uk/church/ st-anns-papa-westray OS ref (virkne) = HY495516

Ir divas iespējas, kā ielādēt .csv failus QGIS:

1_ "Pievienot norobežotu teksta slāni" 2_ "Pievienot vektoru slāni"

Ja ielādējat .csv ar .csvt, jums tas jādara, izmantojot “Pievienot vektoru slāni”


Izvēles parametri QGIS apstrādes skriptos un amp modeļos

Vai atceraties vecos labos laikus, kad visi apstrādes parametri bija obligāti?

Ieejas un izejas tiek fiksētas, un izvēles parametri vai izejas netiek atbalstītas. [Graser & amp Olaya, 2015]

Kopš QGIS 2.14 tā vairs nav. Skriptiem, kā arī modeļiem tagad var būt izvēles parametri. Lūk, kā lietot QGIS 3:

Definējot skripta parametru Apstrāde, parametrs & # 8217s konstruktors ņem loga karodziņu, norādot, vai parametram jābūt neobligātam. Pēc noklusējuma tas ir nepatiesa:

Viens standarta rīks, kas izmanto izvēles parametrus, ir Pievienot automātisko papildlauku:

Izmantojot Python, šo algoritmu var izsaukt ar izvēles parametriem vai bez tiem:

Veidojot modeli, izvēles parametram var piešķirt papildu ievadi. Lai izveidotu papildu ievadi, noteikti deaktivizējiet obligāts izvēles rūtiņa ievades parametru definīcijas apakšdaļā:

Tad šo izvēles ievadi var izmantot algoritmā. Piemēram, šeit skaitliskā ievade izvēles_vērtība tiek nodota Sākuma vērtības plkst parametrs:

Piekļuvi visām pieejamajām ieejām varat noklikšķinot uz pogas & # 8230 blakus Sākuma vērtības plkst laukā. Šajā piemērā man ir piekļuve ievades slāņa vērtībām, kā arī izvēles vērtībai:

Kad tas ir iestatīts, tas izskatās, kad modelis tiek palaists:

Var redzēt, ka izvēles vērtība patiešām ir Nav uzstādīts.


Importējot CSV failu ar csvt datiem QGIS (2.8), laukiem netiks piešķirts tips & ldquodate & rdquo - Ģeogrāfiskās informācijas sistēmas

Karps, Pīters D Palejs, Sūzena Romero, Pedro

Bioinformātikai ir nepieciešami atkārtoti lietojami programmatūras rīki, lai izveidotu modeļa-organisma datubāzes (MOD). Pathway Tools ir atkārtoti izmantojama, ražošanas kvalitātes programmatūras vide, lai izveidotu MOD veidu, ko sauc par Pathway / Genome Database (PGDB). PGDB, piemēram, EcoCyc (sk. Http://ecocyc.org), integrē mūsu izpratni par organisma gēniem, olbaltumvielām, vielmaiņas tīklu un ģenētisko tīklu. Šajā rakstā ir sniegts pārskats par četriem galvenajiem Pathway Tools komponentiem: PathoLogic komponents atbalsta jaunu PGDB izveidi no anotēta organisma genoma. Pathway / Genome Navigator nodrošina vaicājumu, vizualizācijas un tīmekļa publicēšanas pakalpojumus PGDB. Pathway / Genome Editors atbalsta interaktīvu PGDB atjaunināšanu. Pathway Tools ontoloģija nosaka PGDB shēmu. Pathway Tools izmanto Ocelot objektu datu bāzes sistēmu PGDB datu pārvaldības pakalpojumiem. Pathway Tools ir izmantots, lai izveidotu PGDB 13 organismiem SRI iekšienē un ārēji lietotāji.

Ulbrihs, Norberts Manfrēds Voldens, Tomass R.

Viegli lietojama lietotāja saskarne tika ieviesta ļoti automatizētā regresijas analīzes rīkā. Lietotāja saskarne jau no paša sākuma tika izstrādāta darbam ar datoriem, kas izmanto operētājsistēmu Windows, Macintosh, Linux vai UNIX. Daudzas lietotāja saskarnes funkcijas tika īpaši izstrādātas tā, lai iesācējs vai nepieredzējis lietotājs varētu droši izmantot regresijas analīzes rīku. Tādēļ lietotāja saskarnes dizains samazina lietotāja interaktīvo ievadi. Turklāt tiem analīzes iestatījumiem, kas ietekmē regresijas analīzes rezultātus, tiek piešķirtas saprātīgas noklusējuma kombinācijas. Šīs noklusējuma kombinācijas nodrošinās veiksmīgu regresijas analīzes rezultātu lielākajai daļai eksperimentālo datu kopu. Lietotāja saskarnei ir divas versijas. Teksta lietotāja saskarnes versija tiek izmantota regresijas analīzes rīka pastāvīgai izstrādei. Savukārt regresijas analīzes rīka oficiālajā laidienā ir grafiska lietotāja saskarne, kuru ir efektīvāk izmantot. Šī grafiskā lietotāja saskarne vienā ekrānā parāda visus ievades failu nosaukumus, izvades failu nosaukumus un konkrēta programmatūras lietojuma režīma analīzes iestatījumus, kas atvieglo uzticamu analīzes rezultātu ģenerēšanu un ievades parametru pētījumu veikšanu. Grafiskā lietotāja interfeisa izstrādei tika izmantota objektorientēta pieeja. Ar šo izvēli turpmākās programmatūras uzturēšanas izmaksas tiek saglabātas saprātīgā robežā. Tiek parādīti gan teksta, gan grafiskā lietotāja interfeisa piemēri, lai ilustrētu lietotāja saskarnes vispārējo dizaina pieeju.

Kolandželo, Kristofers M Čungs, Liza Brūss, Vai Čeunga, Kei-Hoi

Selektīvā vai vairāku reakciju monitorēšana (SRM / MRM) ir šķidruma hromatogrāfijas (LC) / tandēma masas spektrometrijas (MS / MS) metode, kas ļauj kvantitatīvi noteikt konkrētus proteīnus paraugā, analizējot prekursoru jonus un to izvēlēto fragmentu jonus. triptiski peptīdi. Instrumentu programmatūra ir sasniegusi to, ka tūkstošiem pāreju (primāro un sekundāro m / z vērtību pāri) var izmērīt trīskāršā kvadrupola instrumentā, kas savienots ar LC, ar labi izstrādātu m / z logu plānošanu un atlasi. Labas MRM pārbaudes dizains balstās uz peptīdu spektru pieejamību no iepriekšējiem LC-MS / MS atklāšanas fāzes pētījumiem. MRM testu manuālas izstrādes un apstrādes, kas ietver tūkstošiem pāreju, garlaicīgais aspekts ir veicinājis programmatūras rīku izstrādi, lai automatizētu šo procesu. Ir izstrādātas programmatūras paketes projektu vadībai, testu izstrādei, testu validēšanai, datu eksportēšanai, maksimālās integrācijas, kvalitātes novērtēšanai un biostatistiskai analīzei. Neviens rīks nenodrošina pilnīgu risinājumu no gala līdz galam, tāpēc šajā rakstā tiek pārskatīts pašreizējais stāvoklis un apspriesti šo programmatūras rīku turpmākie virzieni, lai pētnieki varētu apvienot šos rīkus visaptverošai mērķtiecīgai proteomikas darbplūsmai. Autortiesības © 2013 Autori. Izdevējs Elsevier Inc. Visas tiesības aizsargātas.

Kolandželo, Kristofers M. Čungs, Liza Brūss, Vai Čeunga, Kei-Hoi

Selektīvā vai vairāku reakciju monitorēšana (SRM / MRM) ir šķidruma hromatogrāfijas (LC) / tandēma masas spektrometrijas (MS / MS) metode, kas ļauj kvantitatīvi noteikt konkrētus proteīnus paraugā, analizējot prekursoru jonus un to izvēlēto fragmentu jonus. triptiski peptīdi. Instrumentu programmatūra ir sasniegusi to, ka tūkstošiem pāreju (primāro un sekundāro m / z vērtību pāri) var izmērīt trīskāršā kvadrupola instrumentā, kas savienots ar LC, ar labi izstrādātu m / z logu plānošanu un atlasi. Labas MRM pārbaudes dizains balstās uz peptīdu spektru pieejamību no iepriekšējiem LC-MS / MS atklāšanas fāzes pētījumiem. MRM testu manuālas izstrādes un apstrādes, kas ietver tūkstošiem pāreju, garlaicīgais aspekts ir veicinājis programmatūras rīku izstrādi, lai automatizētu šo procesu. Ir izstrādātas programmatūras paketes projektu vadībai, testu izstrādei, testu validēšanai, datu eksportēšanai, maksimālās integrācijas, kvalitātes novērtēšanai un biostatistiskai analīzei. Neviens rīks nenodrošina pilnīgu risinājumu no gala līdz galam, tāpēc šajā rakstā tiek pārskatīts pašreizējais stāvoklis un apspriesti šo programmatūras rīku turpmākie virzieni, lai pētnieki varētu apvienot šos rīkus visaptverošai mērķtiecīgai proteomikas darbplūsmai. PMID: 23702368

Tárraga, Hoakins Peress, Mariano Orduņa, Huans M Duato, Hosē Medina, Ignacio Dopazo, Hoakins

DNS metilēšanas analīze cieš no ļoti ilga apstrādes laika, jo nākamās paaudzes sekvenceru parādīšanās ir novirzījusi genomisko pētījumu sašaurinājumu no sekvenceriem, kuri iegūst DNS paraugus, uz programmatūru, kas veic šo paraugu analīzi. Šķiet, ka esošā metilēšanas analīzes programmatūra nav efektīvi mērogojama ne ar datu kopas lielumu, ne ar analizējamo lasījumu garumu. Tā kā ir paredzams, ka sekvencētāji tuvākajā nākotnē nodrošinās ilgāku un ilgāku nolasīšanu, būtu jāizstrādā efektīva un mērogojama metilēšanas programmatūra. Mēs iepazīstinām ar jaunu programmatūras rīku ar nosaukumu HPG-Methyl, kas efektīvi kartē bisulfītu sekvencēšanas nolasījumus uz DNS, analizējot DNS metilēšanu. Šīs programmatūras izmantotā stratēģija sastāv no Burrows-Wheeler transformācijas ātruma izmantošanas, lai ātri attēlotu lielu skaitu DNS fragmentu (lasītu), kā arī Smita un Votermana algoritma precizitāti, kas tiek izmantots vienīgi, lai risinātu visnozīmīgākais un īsākais lasījums. Eksperimentālie rezultāti platformās ar Intel daudzkodolu procesoriem liecina, ka HPG-Methyl ievērojami pārspēj gan izpildes laiku, gan jutīgumu ar vismodernāko programmatūru, piemēram, Bismark, BS-Seeker vai BSMAP, īpaši attiecībā uz ilgu bisulfītu lasīšanu. Programmatūra C bibliotēku un funkciju veidā kopā ar instrukcijām šīs programmatūras sastādīšanai un izpildei. Pieejams vietnē sftp uz [email protected] (parole “anonīma”). [email protected] vai [email protected] © Autors 2015. Izdevējs Oxford University Press. Visas tiesības aizsargātas. Lai saņemtu atļaujas, lūdzu, nosūtiet e-pastu: [email protected]

Rejs-Martiness, Horhe Batuekass-Kaletrio, Eņģelis Mationo, Eusebi Peress Fernandess, Nikols

Izstrādātā programmatūra (HITCal) var būt noderīgs līdzeklis saccadic video head impulse test (vHIT) reakciju analīzē un mērīšanā, un, ņemot vērā tās lietošanas laikā iegūto pieredzi, autori norāda, ka HITCal ir lieliska metode vHIT izejas pastiprinātai izpētei . Izstrādāt (programmatūras) metodi, lai analizētu un izpētītu vHIT atbildes, galvenokārt sakādes. HITCal tika uzrakstīts, izmantojot skaitļošanas attīstības programmu, funkcija, lai piekļūtu vHIT failam, tika ieprogrammēta paplašināta galvas impulsu izpēte un tika izveidoti mērīšanas rīki un, izmantojot eksperimentālu algoritmu, tika izstrādāta automatizēta sakādes analīze. HITCal laboratorijas testiem pirms izlaišanas tika izveidota galvas impulsu testu (HIT) datu bāze ar datiem, kas retrospektīvi savākti trīs atsauces centros. Šo HITs datu bāzi novērtēja cilvēki, un tā tika aprēķināta arī ar HITCal. Autori ir veiksmīgi izveidojuši HITCal, un tā ir izlaista kā atvērtā koda programmatūra, izstrādātā programmatūra bija pilnībā darbspējīga un visas piedāvātās īpašības tika iekļautas izlaistajā versijā. HITCal ieviestais automatizēto sakāžu algoritms labi saskan ar cilvēku novērotāju veikto novērtējumu (Koena kappa koeficients = 0,7).

Priekšvēsture Funkcionālās genomikas galvenā uzmanība tiek pievērsta gēnu ekspresijas mērījumu izpētei un analīzei. Kad būs pieejami izteiksmes dati, biologiem jāsaskaras ar uzdevumu iegūt (jaunas) zināšanas, kas saistītas ar pamata bioloģisko parādību. Visbiežāk, lai veiktu šo uzdevumu, biologi veic vairākas pieejamās gēnu ekspresijas datu kopas analīzes darbības, nevis vienu analīzes darbību. Nevienveidīgu rīku un datu avotu integrācija, lai izveidotu integrētu analīzes vidi, ir izaicinošs un kļūdām pakļauts uzdevums. Semantiskā integrācija ļauj piešķirt nepārprotamas nozīmes datiem, kas integrētā vidē tiek koplietoti starp dažādām lietojumprogrammām, ļaujot apmainīties ar datiem semantiski konsekventā un jēgpilnā veidā. Šī darba mērķis ir izstrādāt uz ontoloģiju balstītu metodoloģiju gēnu ekspresijas analīzes rīku un datu avotu semantiskai integrācijai. Piedāvātā metodoloģija ir balstīta uz programmatūras savienotājiem, lai atbalstītu ne tikai piekļuvi neviendabīgiem datu avotiem, bet arī transformācijas noteikumu definēšanu attiecībā uz datu apmaiņu. Rezultāti Mēs esam izpētījuši dažādas problēmas, kas saistītas ar datorsistēmu integrāciju, un programmatūras savienotāju lomu šajā uzdevumā. Mēs esam izpētījuši arī vairākas gēnu ekspresijas tehnoloģijas, analīzes rīkus un saistītās ontoloģijas, lai izstrādātu pamata integrācijas scenārijus un ierosinātu gēnu ekspresijas domēna atsauces ontoloģiju. Tad mēs esam definējuši vairākas darbības un saistītās vadlīnijas, lai noteiktu, kā jāveic savienotāju izstrāde. Visbeidzot, mēs esam izmantojuši piedāvāto metodiku, veidojot trīs dažādus integrācijas scenārijus, iekļaujot dažādu rīku izmantošanu dažādu gēnu ekspresijas datu analīzei. Secinājumi Piedāvātā metodika atvieglo tādu savienotāju izstrādi, kas spēj semantiski integrēt dažādus gēnu ekspresijas analīzes rīkus

Miyazaki, Flávia A Guardia, Gabriela D A Vêncio, Ricardo Z N de Farias, Cléver R G

Gēnu ekspresijas mērījumu izpēte un analīze ir funkcionālās genomikas galvenā uzmanība. Kad būs pieejami izteiksmes dati, biologiem jāsaskaras ar uzdevumu iegūt (jaunas) zināšanas, kas saistītas ar pamata bioloģisko parādību. Lai veiktu šo uzdevumu, biologi visbiežāk veic vairākas analīzes darbības ar pieejamo gēnu ekspresijas datu kopu, nevis vienu analīzes darbību. Heterogēnu rīku un datu avotu integrācija, lai izveidotu integrētu analīzes vidi, ir izaicinošs un kļūdām pakļauts uzdevums. Semantiskā integrācija ļauj piešķirt nepārprotamas nozīmes datiem, kas integrētā vidē tiek koplietoti starp dažādām lietojumprogrammām, ļaujot apmainīties ar datiem semantiski konsekventā un jēgpilnā veidā. Šī darba mērķis ir izstrādāt uz ontoloģiju balstītu metodoloģiju gēnu ekspresijas analīzes rīku un datu avotu semantiskai integrācijai. Piedāvātā metodoloģija ir balstīta uz programmatūras savienotājiem, lai atbalstītu ne tikai piekļuvi neviendabīgiem datu avotiem, bet arī transformācijas noteikumu definēšanu attiecībā uz datu apmaiņu. Mēs esam izpētījuši dažādas problēmas, kas saistītas ar datorsistēmu integrāciju, un programmatūras savienotāju lomu šajā uzdevumā. Mēs esam izpētījuši arī vairākas gēnu ekspresijas tehnoloģijas, analīzes rīkus un saistītās ontoloģijas, lai izstrādātu pamata integrācijas scenārijus un ierosinātu gēnu ekspresijas domēna atsauces ontoloģiju. Tad mēs esam definējuši vairākas darbības un saistītās vadlīnijas, lai noteiktu, kā jāveic savienotāju izstrāde. Visbeidzot, mēs esam izmantojuši piedāvāto metodiku, veidojot trīs dažādus integrācijas scenārijus, iekļaujot dažādu rīku izmantošanu dažādu gēnu ekspresijas datu analīzei. Piedāvātā metodika veicina tādu savienotāju izstrādi, kas spēj semantiski integrēt dažādus gēnu ekspresijas analīzes rīkus un datu avotus. The

Ainsberija, Elizabete A Vinikova, Volodimirs Puigs, Pedro Mazņiks, Natālija Rotkemma, Kai Loids, Deivids C

Vairāki autori ir minējuši, ka Bajesa pieeja varētu būt vispiemērotākā citoģenētiskā starojuma dozimetrijas datu analīzei. Bajesa sistēmā notikuma varbūtība tiek aprakstīta, ņemot vērā iepriekšējās cerības un nenoteiktību. Iepriekš esošo vai iepriekšējo informāciju izmanto kopā ar eksperimentu rezultātiem, lai secinātu hipotēzes patiesuma varbūtību vai varbūtību. Ir pierādīts, ka Bajesa pieeja palielina gan radiācijas dozas aprēķinu precizitāti, gan kvalitātes nodrošināšanu. Ir izstrādāta jauna programmatūra ar nosaukumu CytoBayesJ, lai Bayesian analīzi ieviestu citoģenētiskās biodosimetrijas laboratorijas praksē. CytoBayesJ izmanto vairākas literatūrā piedāvātās Bayesian vai Bayesian līdzīgās metodes un iepazīstina tās lietotājam vienkāršu, lietotājam draudzīgu rīku veidā, ieskaitot vispiemērotākā modeļa pārbaudi hromosomu aberāciju izplatībai un aprēķinus. aizmugurējie varbūtības sadalījumi. Atsevišķi rīki ir detalizēti aprakstīti, kā arī sniegti attiecīgie metožu un piemēroto CytoBayesJ programmatūras rīku izmantošanas piemēri. Tādā veidā tiek uzsvērta Bajesa pieejas piemērotība bioloģiskā starojuma dozimetrijai un veicināta tās plašāka pielietošana, nodrošinot lietotājam draudzīgu programmatūras saskarni un rokasgrāmatu angļu un krievu valodā. Autortiesības © 2013 Elsevier B.V. Visas tiesības aizsargātas.

Solernou, Alberts Hansons, Bendžamins S Ričardsons, Robina Velsa, Roberts Līts, Daniels Dž Harlens, Olivers Dž Hariss, Sāra A

Fluktuējošo galīgo elementu analīze (FFEA) ir programmatūras pakete, kas paredzēta olbaltumvielu un citu lodveida makromolekulu nepārtrauktas mehānikas simulāciju veikšanai. Tas apvieno parastās galīgo elementu metodes ar stohastisko termisko troksni, un tas ir piemērots lielu olbaltumvielu un olbaltumvielu kompleksu simulācijām mezoskalā (garuma skalas diapazonā no 5 nm līdz 1 μm), kur pašlaik ir maz modelēšanas rīku. Tā kā ievade prasa 3D tilpuma informāciju, kas var būt zemas izšķirtspējas strukturāla informācija, piemēram, krioelektronu tomogrāfijas (krio-ET) kartes vai daudz augstākas izšķirtspējas atomistiskas koordinātas, no kurām var iegūt tilpuma informāciju. Šajā rakstā mēs iepazīstinām ar mūsu atvērtā pirmkoda programmatūras paketi FFEA simulāciju veikšanai, ko esam izlaiduši ar GPLv3 licenci. Programmatūras pakotne ietver FFEA C ++ ieviešanu, kā arī rīkus, kas palīdz lietotājam iestatīt sistēmu no Electron Microscopy Data Bank (EMDB) vai Protein Data Bank (PDB) datu failiem. Mēs arī nodrošinām PyMOL spraudni, lai veiktu pamata vizualizāciju un papildu Python rīkus FFEA simulācijas trajektoriju analīzei. Šis rokraksts nodrošina FFEA metodes pamatprincipus, aprakstot pamata mehāniskā modeļa ieviešanu un to, kā starpmolekulārā mijiedarbība un šķīdinātāja vide ir iekļauta šajā sistēmā. Iesniedzam potenciālajiem FFEA lietotājiem praktisku pārskatu par to, kā izveidot FFEA simulāciju, atsaucoties uz mūsu publiski pieejamajām tiešsaistes apmācībām un rokasgrāmatām, kas pievienotas šim paketes pirmajam laidienam.

Fluktuējošo galīgo elementu analīze (FFEA) ir programmatūras pakete, kas paredzēta olbaltumvielu un citu lodveida makromolekulu nepārtrauktas mehānikas simulāciju veikšanai. Tas apvieno parastās galīgo elementu metodes ar stohastisko termisko troksni, un ir piemērots lielu olbaltumvielu un olbaltumvielu kompleksu simulācijām mezoskalā (garuma skalas diapazonā no 5 nm līdz 1 μm), kur pašlaik ir maz modelēšanas rīku. Tā kā ievade prasa 3D tilpuma informāciju, kas var būt zemas izšķirtspējas strukturāla informācija, piemēram, krioelektronu tomogrāfijas (krio-ET) kartes vai daudz augstākas izšķirtspējas atomistiskas koordinātas, no kurām var iegūt tilpuma informāciju. Šajā rakstā mēs iepazīstinām ar mūsu atvērtā pirmkoda programmatūras paketi FFEA simulāciju veikšanai, ko esam izlaiduši ar GPLv3 licenci. Programmatūras pakotne ietver FFEA C ++ ieviešanu, kā arī rīkus, kas palīdz lietotājam iestatīt sistēmu no Electron Microscopy Data Bank (EMDB) vai Protein Data Bank (PDB) datu failiem. Mēs arī nodrošinām PyMOL spraudni, lai veiktu pamata vizualizāciju un papildu Python rīkus FFEA simulācijas trajektoriju analīzei. Šis rokraksts nodrošina FFEA metodes pamatprincipus, aprakstot galvenā mehāniskā modeļa ieviešanu un to, kā šajā sistēmā ir iekļauta starpmolekulārā mijiedarbība un šķīdinātāja vide. Iesniedzam potenciālajiem FFEA lietotājiem praktisku pārskatu par to, kā izveidot FFEA simulāciju, atsaucoties uz mūsu publiski pieejamajām tiešsaistes apmācībām un rokasgrāmatām, kas pievienotas šim paketes pirmajam laidienam. PMID: 29570700

Notika seminārs, lai novērtētu iegulto sistēmu programmatūras rīku stāvokli un noteiktu rīku izstrādes virzienus. Tiek sniegts sarunas kopsavilkums un katras semināra prezentācijas galvenie skaitļi kopā ar priekšsēdētāju kopsavilkumiem. Prezentācijas aptvēra četras galvenās jomas: (1) rīki un programmatūras vide (izstrāde un testēšana); (2) rīku un programmatūras prasības, dizains un specifikācijas (3) rīki un valodas procesori un (4) rīki un verifikācija un validācija (analīze un testēšana). Tiek aprakstīta un novērtēta esošo rīku un pētījumu rezultātu lietderība un ieguldījums iegulto skaitļošanas sistēmu programmatūras izstrādē un testēšanā.

Bezrouk, Aleš Fiala, Zdeněk Kotingová, Lenka Krulichová, Iva Selke Kopečná, Monika Vávrová, Kateřina

Ādas un membrānas caurlaidības eksperimenti ir svarīgs solis transdermāla vai lokāla preparāta izstrādē vai toksikoloģiskā riska novērtēšanā. Šo datu analīzes standarta metode balstās uz caurlaidības profila lineāro daļu. Tomēr ir grūti objektīvi noteikt, kad profils kļūst lineārs, vai arī eksperimenta ilgums var būt nepietiekams, lai sasniegtu maksimālo vai vienmērīgo stāvokli. Šeit mēs piedāvājam programmatūras rīku ādas un membrānas caurlaidības datu analīzei (SAMPA), kas ir viegli lietojams un pārvar vairākas no šīm grūtībām. SAMPA metode un programmatūra ir apstiprināta, izmantojot in vitro un in vivo caurlaidības datus par cilvēka, cūku un žurku ādas un modeļa stratum corneum lipīdu membrānām, izmantojot savienojumus, kas svārstās no ļoti lipofiliem policikliskiem aromātiskiem ogļūdeņražiem līdz ļoti hidrofiliem pretvīrusu medikamentiem, ar un bez divām caurlaidībām. pastiprinātāji. SAMPA veiktspēja tika salīdzināta ar standarta metodi, izmantojot caurlaidības profila lineāro daļu un sarežģītu matemātisko modeli. SAMPA ir lietotājam draudzīgs, atvērtā koda programmatūras rīks, lai analizētu datus, kas iegūti no ādas un membrānas caurlaidības eksperimentiem. Tas darbojas uz Microsoft Windows platformas un ir brīvi pieejams kā šī faila atbalsta fails. Autortiesības © 2017 Elsevier Ltd. Visas tiesības aizsargātas.

Metaboliskās inženierijas (ME) racionālās pieejas attiecas uz modifikāciju identificēšanu, kas uzlabo mērķa savienojumu mikrobu ražošanas iespējas. Viens no galvenajiem izaicinājumiem, ko rada šajās ME problēmās izmantotie celmu optimizācijas algoritmi, ir izmaiņu interpretācija, kas noved pie konkrētas pārprodukcijas. Bieži vien viens gēna nokauts izraisa izmaiņas vairāku reakciju plūsmās, salīdzinot ar savvaļas tipu, un tāpēc ir grūti novērtēt in silico mutanta fizioloģiskās atšķirības. To pastiprina fakts, ka genoma mēroga modeļus per se ir grūti vizualizēt, ņemot vērā iesaistīto lielo reakciju un metabolītu skaitu. Atzinumi Mēs ieviešam programmatūras rīku - topoloģiskā tīkla analīzi OptFlux (TNA4OptFlux) - spraudni, kas atvērtā koda ME platformai OptFlux papildina spēju izveidot un veikt vielmaiņas tīklos topoloģisko analīzi. Viena no šī rīka galvenajām priekšrocībām ir iespēja izmantot šos rīkus, analizējot un salīdzinot simulētos fenotipus, proti, tos, kas nāk no celmu optimizācijas algoritmu rezultātiem. Mēs ilustrējam rīka iespējas, izmantojot to, lai palīdzētu interpretēt divus E. coli celmus, kas izstrādāti OptFlux sukcināta un glicīna pārprodukcijai. Secinājumi Papildus jaunu funkcionalitāšu pievienošanai OptFlux programmatūras rīkam attiecībā uz topoloģisko analīzi, TNA4OptFlux metodes ievērojami atvieglo neintuitīvu ME stratēģiju interpretāciju, automatizējot traucēto un netraucēto metabolisko tīklu salīdzinājumu. Spraudnis ir pieejams tīmekļa vietnē http://www.optflux.org kopā ar plašu dokumentāciju. PMID: 23641878

Bozzolo, Guillermo Morse, Jeffrey A. Noebe, Ronald D. D. Abel, Phillip B.

NASA Glenn pētījumu centra un Ohaio Aviācijas un kosmosa institūta (OAI) skaitļošanas materiālu grupa ir izstrādājusi atomistiskās modelēšanas programmatūras komplektu, ko sauc par Alloy Design Workbench. Šīs programmatūras galvenais mērķis ir vadīt un papildināt eksperimentālo materiālu izpētes un izstrādes centienus, izveidojot jaudīgu, tomēr intuitīvu programmatūru, kas grafisko lietotāja saskarni apvieno ar darbības kodu, kas piemērots daudzkomponentu sakausējumu sistēmu reāllaika atomistiskām simulācijām. Eksperimentālistiem paredzēta saskarne ir vienkārša un prasa minimālas zināšanas par pamatā esošo teoriju, ļaujot pētniekiem koncentrēties uz darba zinātniskajiem aspektiem. Alloy Design Workbench komplekta centrālais elements ir modulis adw Tools, kas koncentrējas uz to virsmu un beramo sakausējumu atomistisko analīzi, kas satur patvaļīgu elementu skaitu. Papildu modulis adwParams apstrādā ab initio ievadi parametru iestatīšanai, ko izmanto adw rīkos. Turpmāk komplektā plānotie moduļi ietver adwSeg, kas sniegs skaitliskas prognozes segregācijas profiliem sakausējuma virsmām un saskarnēm, un adwReport, kas kalpos kā logs datu bāzē, nodrošinot publisku piekļuvi parametru datiem un repozitoriju, kur lietotāji var iesniegt savus secinājumus no pārējās svītas. Viss komplekts ir paredzēts darbam ar darbvirsmas mēroga datoriem. Adw Tools modulis iekļauj pielāgotu OAI / Glena izstrādātu Fortran kodu, kura pamatā ir BFS (Bozzolo-Ferrante-Smith) metode sakausējumiem, ref. 1). Svītas sirds, šis kods tiek izmantots, lai aprēķinātu dažādu atomu sastāvu un konfigurāciju enerģētiku.

Vispārējas nozīmes robežu elementu risinājumu tehnoloģija (GPBEST) programmatūrā izmanto mašīnbūves analīzes robeželementu metodi, nevis ierobežoto elementu. Pēc viena no tā izstrādātājiem domām, datu sagatavošana ir 10 reizes ātrāka un precīzāka nekā citas metodes. Tā izmantošana rada lētākus produktus, jo tiek saīsināts laiks starp projektēšanu un izgatavošanu. NASA izstrādāta datora koda komerciālu atvasinājumu to pārdod Best Corporation, lai atrisinātu stresa analīzes, siltuma pārneses, šķidruma analīzes un cieto vielu iegūšanas un plaisāšanas problēmas. Citi pielietojumi ietver traktoru un automašīnu detaļu, sadzīves tehnikas un akustiskās analīzes projektēšanu.

Gadu gaitā ir attīstījušās daudzas inženierzinātņu disciplīnas, tostarp ķīmiskās, elektroniskās utt. Visām inženierzinātņu disciplīnām kopīga ir stingrības, modeļu, metrikas un iepriekš definētu metodoloģiju izmantošana. Nesen uz skatuves parādījās jauna inženierzinātņu disciplīna, ko sauc par programmatūras inženieriju. Vairāk nekā trīsdesmit gadus ir izstrādāta datoru programmatūra, un tās pieredze nav bijusi laba. Software development projects often miss schedules, are over budget, do not give the user what is wanted, and produce defects. One estimate is there are one to three defects per 1000 lines of deployed code. More and more systems are requiring larger and more complex software for support. As this requirement grows, the software development problems grow exponentially. It is believed that software quality can be improved by applying engineering principles. Another compelling reason to bring the engineering disciplines to software development is productivity. It has been estimated that productivity of producing software has only increased one to two percent a year in the last thirty years. Ironically, the computer and its software have contributed significantly to the industry-wide productivity, but computer professionals have done a poor job of using the computer to do their job. Engineering disciplines and methodologies are now emerging supported by software tools that address the problems of software development. This paper addresses some of the current software engineering methodologies as a backdrop for the general evaluation of computer assisted software engineering (CASE) tools from actual installation of and experimentation with some specific tools .

James, Jeffrey M. Sanderson, Penelope M. Seidler, Karen S.

As modern transport environments become increasingly complex, issues such as crew communication, interaction with automation, and workload management have become crucial. Much research is being focused on holistic aspects of social and cognitive behavior, such as the strategies used to handle workload, the flow of information, the scheduling of tasks, the verbal and non-verbal interactions between crew members. Traditional laboratory performance measures no longer sufficiently meet the needs of researchers addressing these issues. However observational techniques are better equipped to capture the type of data needed and to build models of the requisite level of sophistication. Presented here is SHAPA, an interactive software tool for performing both verbal and non-verbal protocol analysis . It has been developed with the idea of affording the researchers the closest possible degree of engagement with protocol data. The researcher can configure SHAPA to encode protocols using any theoretical framework or encoding vocabulary that is desired. SHAPA allows protocol analysis to be performed at any level of analysis , and it supplies a wide variety of tools for data aggregation, manipulation. The output generated by SHAPA can be used alone or in combination with other performance variables to get a rich picture of the influences on sequences of verbal or nonverbal behavior.

Hunt, Allen R. Foreman, William

AKELA has developed a software tool which uses a systems analytic approach to model the critical processes which support the acquisition of biological and chemical weapons by terrorist organizations. This tool has four major components. The first is a procedural expert system which describes the weapon acquisition process. It shows the relationship between the stages a group goes through to acquire and use a weapon, and the activities in each stage required to be successful. It applies to both state sponsored and small group acquisition. An important part of this expert system is an analysis of the acquisition process which is embodied in a list of observables of weapon acquisition activity. These observables are cues for intelligence collection The second component is a detailed glossary of technical terms which helps analysts with a non- technical background understand the potential relevance of collected information. The third component is a linking capability which shows where technical terms apply to the parts of the acquisition process. The final component is a simple, intuitive user interface which shows a picture of the entire process at a glance and lets the user move quickly to get more detailed information. This paper explains e each of these five model components.

The Toxicity Estimation Software Tool (TEST) was developed to allow users to easily estimate the toxicity of chemicals using Quantitative Structure Activity Relationships (QSARs) methodologies. QSARs are mathematical models used to predict measures of toxicity from the physical c.